公司从农民工工资里扣除个人所得税是否合法？

每个有合法收入的公民都要依法缴纳个人所得税，这是法律规定的公民的法律义务，但是缴纳的比例从高、中、低、无各档。个人所得税体现的是国家调整社会分配的关系，高收入人缴纳的比例高且多，中收入人缴纳的比例低且少，低收入人不用缴纳个人所得税。现在全国统一个人所得税的起征点为2000元，只要月收入不超过2000元的，一律不用缴纳个人所得税。所以是否违法要看个人的收入是否超过2000元，2000元以上的必须要缴纳，2000元或2000以下的不需要缴纳。

企业代扣个人所得税是有法律依据的.
所有人都有依法缴纳个人所得税的义务.

要的
法律有规定，任何人的工资超过2000元，都必须依法缴纳所谓税，所得税由企业代缴

个人所得税的纳税人是：在中国境内有住所，或者无住所而在境内居住满一年的个人，从中国境内和*取得的所得，应依法缴纳个人所得税。所以你父亲应该缴纳个人所得税。
至于公司未依法和您父亲签订合同以及缴纳社会保险的问题应和公司协商要求公司改正，如若公司仍不改正，可以到当地劳动和社会保障局投诉